O Departamento Hidroviário (DH) foi criado em 22 de abril de 1966 para administrar as Hidrovias Paulistas, sendo a maior delas a Hidrovia Tietê – Paraná. Até 31 de dezembro de 2022, o DH foi um órgão vinculado à Secretaria de Logística e Transportes do Estado de São Paulo. Com a reorganização administrativa das secretarias estaduais, no caso, a junção das atuais Secretaria de Infraestrutura e Meio Ambiente – SIMA e Secretaria de Logística e Transportes – SLT, o DH ficou vinculado à atual Secretaria de Meio Ambiente, Infraestrutura e Logística – SEMIL, e subordinado à Subsecretaria de Logística e Transportes.
O DH também é responsável pelo Sistema de Travessias Litorâneas do Estado de São Paulo. O Sistema foi operado pelo Departamento Hidroviário dos anos 1960 até 1989, quando passou a ser administrado pela DERSA, e voltou para a alçada do DH em 2020.
A partir de 1º de janeiro de 2023, o DH também assumiu o transporte de passageiros e veículos via balsas no reservatório da UHE Paraibuna, até então sob responsabilidade da CESP (Companhia Energética de São Paulo).
